O cemitério conta com um ossário, que de 2002 a março de 2016, abrigou mais de mil ossadas de mortos e desaparecidos políticos encontrados em vala clandestina de Perus, distrito de São Paulo, em 1990.[7]

Na madrugada do dia 03 de novembro de 2013, o ossário foi depredado após um ato inter-religioso do Comitê Paulista pela Memória, Verdade e Justiça. Houve a destruição de dois monólitos de 700 kg, foram espalhados sacos de ossadas e depredadas estátuas de túmulos não relacionados ao ossário.[7]

A invasão danificou gavetas que armazenam ossadas e parte das obras da exposição Penetrável Genet, dos artistas Celso Sim e Anna Ferrari, que integraram a 10ª Bienal de Arquitetura de São Paulo, que abordou a questão dos desaparecidos políticos na época da ditadura militar.[8]

Em março de 2016, a Prefeitura de São Paulo realizou o traslado das ossadas encontradas na vala clandestina do Cemitério Dom Bosco, em Perus, para o Centro de Arqueologia e Antropologia Forense da Universidade Federal de São Paulo (CAAF/Unifesp), um local mais seguro e apropriado com equipes de arqueólogos, antropólogos forenses e peritos oficiais que realizassem a análise dos materiais, para a retomada das identificações das ossadas.[9]

O traslado foi resultado das ações interinstitucionais, coordenadas pela Secretaria Municipal de Direitos Humanos e Cidadania, envolvendo o Serviço Funerário Municipal de São Paulo, a Polícia Federal, a Guarda Civil Metropolitana, a Companhia de Engenharia de Tráfego, a UNIFESP, o Ministério Público Federal, o Ministério das Mulheres, Igualdade Racial e dos Direitos Humanos e a Comissão Especial sobre Mortos e Desaparecidos Políticos.[9]